在北海道函馆的一场剑道大会上，名侦探柯南与西部名侦探服部平次再次卷入一场悬案。本案牵涉到怪盗基德意欲盗取的江户时代新选组副长土方岁三的日本刀，此刀不仅是传奇藏品，还与寻找能扭转幕末纷争秘宝的美籍日裔军火商有着不解之缘。随着案情的逐步深入，一连串的谜题和危机接踵而至，柯南和平次必须揭开真相，解决危机。